پس از شروع همه‌گیری SARS-C0V-2، محققین ResearchPath LLC و همکارانشان در دانشگاه راتگرز به سرعت منابعی را برای توسعه آزمایش‌های دقیق و قابل اعتماد COVID-19 اختصاص دادند. با ظهور انواع مختلف، آنها یک آزمایش PCR ایجاد کردند که از فانوس های مولکولی نه تنها برای تشخیص عفونت COVID-19، بلکه برای شناسایی نوع خاصی که باعث آن عفونت می شود، استفاده می کند. تحقیقات آنها ظاهر می شود در مجله تشخیص مولکولی، منتشر شده توسط Elsevier. روش آنها به طور آشکار در دسترس است به طوری که می توان آن را توسط هر دستگاهی که می تواند آزمایش PCR را اجرا کند، تکرار کرد.

فوق‌العاده است که می‌بینیم SARS-CoV-2 یک عفونت یکپارچه با مجموعه‌ای از ویژگی‌های بالینی قابل پیش‌بینی نبود، بلکه یک بیماری همیشه در حال تکامل است که سویه‌های مختلف برای آن ویژگی‌های بالینی منحصربه‌فردی ایجاد می‌کنند که بر روی آزمایش، علائم و حتی آن‌ها تأثیر می‌گذارد. می‌توان به سیستم‌های ارگانی حمله کرد.”

شناسایی سویه های خاص اطلاعات مهمی مانند طول دوره کمون، طول دوره مسری، قابلیت انتقال، بیماری زایی و حتی تغییرات در علائم غالب را نشان می دهد.

اطلاعات مربوط به انواع سویه ها عموماً توسط جامعه بین المللی یا چند کشور با جمعیت زیاد که توالی یابی ژنتیکی را انجام می دهند، گزارش می شود. توالی یابی عمیق مورد نیاز برای شناسایی سویه های SARS-CoV-2 دقیق است و می تواند هر جهش موجود در یک نمونه را شناسایی کند، اما پرهزینه، کند و به تجهیزات تخصصی نیاز دارد. با این حال، دانش نوع سویه اطلاعات مهمی را برای متخصصان بهداشت عمومی، سیاست گذاران و افراد فراهم می کند.

اشلی هیل، MD، ResourcePath LLC، استرلینگ، ویرجینیا، ایالات متحده، محقق همکار، گفت: «دانستن اینکه یک سویه بسیار مسری و خطرناک در یک جامعه محلی در حال ظهور است، می‌تواند به سیاست‌گذاران اطلاع دهد تا اقدامات ایمنی را برای محدود کردن شیوع آن آغاز کنند. همچنین می‌تواند به‌عنوان یک سیستم هشدار اولیه برای سیستم‌های مراقبت‌های بهداشتی که نیاز به برنامه‌ریزی برای افزایش ویزیت‌های اورژانس و مراقبت‌های ICU دارند، باشد. دانستن اینکه کدام سویه فرد را آلوده کرده است نیز می‌تواند به تعیین اینکه کدام درمان‌ها سودمندتر هستند کمک کند.

راتگرز با استفاده از پروب‌های PCR بلادرنگ طراحی‌شده توسط دانشگاه راتگرز و قبلاً در سراسر جهان برای مقاصد مختلف استفاده می‌شود، سنجش Rutgers-RP RT-PCR را برای شناسایی جهش‌هایی در SARS-CoV-2 طراحی کرد که نشان داده شده است فرار ایمنی را افزایش می‌دهد و از خنثی‌سازی جلوگیری می‌کند. ، و قابلیت انتقال را افزایش می دهد. آنها پیشگام استفاده از فانوس های مولکولی برای شناسایی جهش های ژنتیکی خاص بودند. فانوس های مولکولی مولکول هایی به شکل سنجاق مو هستند که می توانند به گونه ای طراحی شوند که به صورت انتخابی به یک توالی جهش یافته خاص متصل شوند و از توالی های نوع وحشی که اغلب با یک نوکلئوتید متفاوت هستند اجتناب کنند.

9 جهش برای آزمایش انتخاب شدند و فانوس دریایی هر کدام دارای رنگ های متفاوتی است. هر نوع اصلی نگران کننده – آلفا، بتا، گاما، دلتا و اومیکرون – ترکیبی منحصر به فرد از این جهش ها دارد. و هنگامی که فانوس دریایی به مولکول هدف خود متصل می شود، رنگ متمایز آن را می توان با سنجش تشخیص داد.

هر چراغ به صورت جداگانه آزمایش شد تا ویژگی آن به جهش اختصاص داده شده تأیید شود. سپس، بیکن‌ها در یک سنجش مالتی پلکس ترکیب شدند و با RT-PCR روی 26 نمونه بیمار مبتلا به SARS-CoV2 که قبلاً آزمایش شده و با توالی‌یابی عمیق شناسایی شده بودند، آزمایش شدند. دو نمونه به عنوان واریانت آلفا، دو نمونه به عنوان واریانت اپسیلون و هشت نمونه به عنوان واریانت دلتا شناسایی شدند. سنجش مالتی پلکس با نتایج حاصل از توالی یابی عمیق، با حساسیت و ویژگی 100 درصد مطابقت کامل داشت.

محققان گزارش می دهند که این آزمایش نیز بسیار سازگار است. زمانی که omicron پدیدار شد، محققان توانستند در کمتر از یک ماه یک فانوس دریایی طراحی کنند تا جهشی را شناسایی کنند که منحصر به omicron است و برای فرار سیستم ایمنی مهم است. محققین نوع omicron را در 17 نمونه از 33 نمونه بیمار دیگر که قبلاً آزمایش شده بودند شناسایی کردند و نتایج 100٪ موافق بودند.

رایان جی. دیکدان، نویسنده ارشد این مقاله، BS، موسسه تحقیقات بهداشت عمومی، دانشکده پزشکی نیوجرسی، گفت: “ابزارهایی که ما برای ردیابی و شناسایی انواع جدید ایجاد کردیم، برای این بیماری همه گیر و برای هر ویروس یا پاتوژن پیش بینی نشده ای که ممکن است در آینده ایجاد شود، مفید خواهد بود.” دانشگاه راتگرز، نیوآرک، نیوجرسی، ایالات متحده آمریکا.

محققان گفتند: “ویروس SARS-CoV-2 هنوز با ما تمام نشده است. ما به شدت به یک سیستم نظارتی جهانی برای سویه های در حال ظهور اجتناب ناپذیری که می توانند مسری تر یا کشنده تر باشند نیاز داریم.” “آزمایش نوع Rutgers-RP RT-PCR می‌تواند به طور گسترده در آزمایشگاه‌های سراسر جهان در حال حاضر برای نظارت بر همه انواع شناخته‌شده مورد استفاده قرار گیرد. این سنجش با مجموعه‌های پرایمر/کاوشگر جدید برای هر گونه مهم جدیدی که ظاهر می‌شود، به روز می‌شود.”

منبع داستان:

مواد ارائه شده توسط الزویر. توجه: محتوا ممکن است برای سبک و طول ویرایش شود.