[ad_1]

یک روش «اثرانگشت» میکروبیوم تصفیه‌شده، انواع یک سویه میکروبی واحد روده را ردیابی می‌کند

نتایج PKS از افراد بستری شده در بیمارستان مبتلا به COVID-19 است. در مجموع از 23 مسیر KEGG برای بررسی الگوی حضور یا عدم وجود مسیرهای متابولیکی KEGG برای B. vulgatus استفاده شد و وجود یا عدم وجود هر مسیر KEGG با مقایسه نمونه روز آخر هر بیمار با هر جفت احتمالی از همان بیمار مشاهده شد. نمونه ها. تمام نمونه های بیمار قبلاً توسط زو و همکاران جمع آوری شده بود. 17. نتیجه مشترک PKS برای هر بیمار در جعبه های رنگی مختلف گروه بندی شد. هر ستون در جدول نشان دهنده شناسه فردی، نمونه ای که برای هر مقایسه زوجی استفاده می شود و روزها را نشان می دهد. اعتبار: گزارش های علمی (2022). DOI: 10.1038/s41598-022-10472-w

کیسی دی. مورو، دکترا، و همکارانش در دانشگاه آلاباما در بیرمنگام قبلا یک روش «اثر انگشت» میکروبیومی به نام WSS را توسعه دادند که با تجزیه و تحلیل داده‌های متاژنومیک از نمونه‌های مدفوع، گونه‌های منفردی از باکتری‌های روده خاص را شناسایی می‌کرد. آن‌ها نشان داده‌اند که سویه‌های خاص در بزرگسالان در طول زمان ثابت می‌مانند، مگر اینکه با رویدادهایی مانند آنتی‌بیوتیک یا جراحی چاقی مختل شوند. آنها همچنین مشاهده کردند که یک سویه پیوند مدفوع اهدایی که برای درمان عفونت های کلستریدیوم دیفیسیل مقاوم به دارو داده شده بود تا دو سال پس از پیوند در گیرنده باقی می ماند.

Morrow و Hyunmin Koo، Ph.D.، روش اثر انگشت را اصلاح کردند تا شامل جستجوی انواع تک نوکلئوتیدی در مسیرهای متابولیک KEGG یک سویه خاص باشد. این گونه ها می توانند زیر سویه های یک سویه شناسایی شده توسط WSS را شناسایی کنند. برای مثال، برای بررسی زیرسویه‌های یک سویه Bacteroides vulgatus، Morrow و Koo 23 مسیر متابولیک مختلف KEGG موجود در آن باکتری را بررسی کردند.

آنها اکنون این تجزیه و تحلیل بزرگ‌نمایی شده را برای نظارت بر تغییرات در سویه‌های فرعی در بازه‌های زمانی کوتاه‌تر، روزها یا هفته‌ها، در دو باکتری اصلی روده-B- اعمال کرده‌اند. vulgatus و Bacteroides uniformis. با مقایسه تعداد کمی از افراد سالم و بیماران بستری شده در بیمارستان کووید-19، آنها تفاوتی را در دینامیک سویه فرعی مشاهده کردند که به گفته آنها نشان دهنده کاهش نرخ ذاتی تنوع سویه در بیماران بیمار است. این کاهش در نهایت می تواند منجر به دیس بیوزیس در جامعه سویه های میکروبی شود که ممکن است نشان دهنده تغییر در سویه های غالب میکروبیوم روده باشد.

هر دو گونه Bacteroides به وفور در فلور روده یافت می شوند و ممکن است گونه های اصلی باشند، ارگانیسم هایی که به تعریف کل اکوسیستم کمک می کنند.

مطالعه کو و مورو، “شاخص‌های اولیه دیس‌بیوز سویه‌های میکروبی در جامعه میکروبی دستگاه گوارش انسان در برخی از انسان‌های سالم و بیماران بستری در بیمارستان کووید-19،” در مجله منتشر شده است. گزارش های علمی.

کو و مورو ابتدا داده‌های متاژنومیک منتشر شده قبلی را از 41 فرد نمونه‌گیری شده با فاصله یک سال و 11 فرد با فاصله 90 روز تجزیه و تحلیل کردند. آنها در دو نقطه زمانی به یک سویه غالب B. vulgatus در هر فرد نگاه کردند تا ببینند آیا آنها الگوهای زیرسویه متابولیکی KEGG متفاوتی را نشان داده اند، همانطور که از تجزیه و تحلیل انواع تک نوکلئوتیدی در مسیرهای متابولیک KEGG یا PKS تشخیص داده شد. به طور کلی، بیشتر یک الگوی PKS زیر سویه متفاوتی را بین دو نقطه زمانی هر فرد نشان دادند.

محققان UAB سپس داده‌های متاژنومیک منتشر شده قبلی از شش فرد سالم را که هر چند روز یک‌بار طی سه تا 10 هفته نمونه‌برداری شده بودند، تجزیه و تحلیل کردند و دوباره سویه‌های فرعی را با انواع تک نوکلئوتیدی در 23 مسیر متابولیک KEGG تجزیه و تحلیل کردند. سه فرد در هر نقطه زمانی یک زیرسویه متفاوت را نشان دادند، در حالی که سه زیرسویه نشان دادند که الگوهای PKS داشتند که در مقاطع زمانی مختلف ظاهر، ناپدید و دوباره ظاهر شدند.

الگوهای مشترک PKS نیز در دو نفر از سه بیمار مبتلا به کووید-19 بستری شده در بیمارستان که چندین بار نمونه برداری شده بودند، مشاهده شد.

کو گفت: «ما پیشنهاد می‌کنیم که جوامع میکروبی روده تحت استرس، مانند آنهایی که در بیماران بستری در بیمارستان کووید-19 یافت می‌شوند، ممکن است در وضعیتی باشند که نشان‌دهنده تغییر احتمالی است که در آن سویه غالب با یک سویه جزئی رقابت می‌کند.» “اختلال در جامعه میکروبی روده ناشی از یک تنوع سویه ممکن است به نوبه خود ساختار جامعه را تغییر دهد و بر عملکرد متابولیسم و ​​مقاومت در برابر استعمار تاثیر بگذارد.”

مورو گفت: “یکی از ویژگی های یک سیستم پیچیده زیستی این است که با نزدیک شدن به یک گذار بحرانی، سرعت تغییرات ذاتی کاهش می یابد.” “سیستم وارد شرایطی می شود که مربوط به خودهمبستگی است، که در آن الگوها بین نقاط زمانی تکرار می شوند. ممکن است خوشه های مسیر متابولیک مشترک KEGG حالتی از خودهمبستگی را در جامعه سویه میکروبی روده نشان دهند که تغییر سویه را نشان می دهد.”


سویه های میکروبی الگوهای ثبات فردی را در روده در حال رشد نوزاد نشان می دهند


اطلاعات بیشتر:
هیونمین کو و همکاران، شاخص های اولیه دیس بیوز سویه میکروبی در جامعه میکروبی دستگاه گوارش انسان در برخی از انسان های سالم و بیماران بستری در بیمارستان کووید-19، گزارش های علمی (2022). DOI: 10.1038/s41598-022-10472-w

ارائه شده توسط دانشگاه آلاباما در بیرمنگام

نقل قول: یک روش «اثرانگشت» میکروبیوم تصفیه‌شده انواع یک سویه میکروبی روده را ردیابی می‌کند (2022، 27 آوریل) که در 27 آوریل 2022 از https://medicalxpress.com/news/2022-04-refined-microbiome-fingerprint-method-tracks بازیابی شده است. .html

این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به غیر از هرگونه معامله منصفانه به منظور مطالعه یا تحقیق خصوصی، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تکثیر نیست. محتوای مذکور فقط به هدف اطلاع رسانی ایجاد شده است.



[ad_2]