[ad_1]
liCHi-C انواع سلولی را که احتمالاً در علت بیماری دخیل هستند، شناسایی می کند. غنی‌سازی آمار خلاصه GWAS در مناطق در حال تعامل با پروموتر (PIRs) بر اساس نوع سلول. محورها امتیازهای z Blockshifter را برای دو مقایسه گروه بافتی مختلف منعکس می‌کنند: میلوئید در مقابل لنفوئید (محور y) و تمایز نیافته در برابر سلول‌های تمایز یافته (محور x). صفات بر اساس دسته بندی برچسب گذاری و رنگ آمیزی می شوند: اختلال خود ایمنی (قرمز)، صفت لنفوئیدی (زرد)، صفت میلوئیدی (سبز)، سرطان خون (آبی) و سایر موارد (بنفش). فشار خون سیستولیک SBP، فشار خون دیاستولیک DBP، تراکم استخوان گردن فمور FNBD، افسردگی DEP، اوتیسم AUT، لیپوپروتئین با چگالی کم LDL، شاخص توده بدنی BMI، حساسیت به گلوکز GLC، کلسترول تام TC، تری گلیسیرید TG، دیابت نوع II T2D، سیروز صفراوی اولیه PBC، دیابت نوع I T1D، آرتریت روماتوئید RA، لوپوس اریتماتوی سیستمیک SLE، MS، بیماری سی دی کرون، بیماری سلیاک CEL، تعداد مطلق سلول های BC، تعداد گلبول های سفید WBCC، سلول های T تنظیم کننده CD4regC CD4 تعداد مطلق، تعداد مطلق سلول‌های T ساده CD8+ nCD8C، لنفوم HL Hodgkins، لوسمی لوسمی، لنفوم غیر هوچکینز NHL_1، لنفوم غیرهوچکینزی NHL_2، لنفوم غیرهوچکینزی NHL_2، لنفومی اولیه PLHMN، لنفومی لمفوئیدی اولیه و نئوپلاسمی نئوپلاسمی LLHMN، لنفومی لمپوپلاسمی اولیه leukemia_1، LL_2 لنفوئید لوسمی_2، تعداد MC مونوسیت، تعداد گلبول های سفید میلوئید MWCC، میانگین غلظت هموگلوبین MCHC، میانگین هموگلوبین سلولی MCH، میانگین جسم MCV حجم r، MPV میانگین حجم پلاکت، تعداد پلاکت PC، تعداد گلبول های قرمز RBCC. B Heatmap نمرات z غنی‌سازی Blockshifter آمار خلاصه GWAS در نواحی دارای تعامل با پروموتر (PIRs) توسط انواع سلول‌های فردی با استفاده از سلول‌های اندوتلیال به عنوان کنترل. برای هر صفت، مقایسه‌هایی بین هر نوع سلول جداگانه با پیش‌سازهای اندوتلیال کنترل انجام شده است. سبز نشان دهنده غنی شدن بافت برچسب شده است. آبی نشان دهنده غنی سازی در کنترل سلول های اندوتلیال است. سلول های بنیادی خونساز HSC، پیش ساز میلوئید مشترک CMP، پیش ساز لنفوئیدی سلول های B مشترک CLP، مگاکاریوسیت های MK، مونوسیت های Mon، اریتروبلاست های Ery، سلول B ساده nB، nCD4 ساده CD4+ سلول ها، nCD8 ساده CD8+ سلول ها. اعتبار: ارتباطات طبیعت (2023). DOI: 10.1038/s41467-023-35911-8
برای مدت طولانی، محققان ژنتیک سرطان و اپی ژنتیک بر روی تغییرات در ژن ها و پروتئین ها تمرکز کرده اند تا بفهمند چه چیزی باعث سرطانی شدن و بدخیم شدن سلول می شود. در هسته سلول، بین شبکه‌های ژنی بسیار پیچیده که توسط عناصر تنظیمی پراکنده کوچک از طریق تماس فیزیکی مناطق DNA کنترل می‌شوند، تداخل وجود دارد.
بسیاری از سرطان‌ها تغییراتی را در این تداخل نشان می‌دهند، به‌عنوان مثال، به‌دست‌آمدن، از دست دادن یا بازآرایی DNA. در حالی که ژن ها ممکن است کاملاً خوب باشند، قرار گرفتن در موقعیت متفاوت در هسته، توانایی آنها را برای تماس فیزیکی با عناصر تنظیم کننده مختل می کند. مطالعه این شبکه از تعاملات که به اینتراکتوم معروف است، یکی از چالش برانگیزترین و ناشناخته ترین زمینه ها در زیست شناسی سرطان است.
تجزیه و تحلیل اینتراکتوم کار آسانی نیست. دانشمندان پس از استخراج دقیق DNA یک سلول سرطانی، انجام تمام اقدامات احتیاطی ممکن برای جلوگیری از ایجاد اختلال در بخش‌هایی از ژنوم که با یکدیگر صحبت می‌کنند، آنها را با استفاده از چند ترفند بیوشیمیایی به هم چسباندند تا مشخص کنند کدام ژن‌ها و عناصر تنظیم‌کننده در فیزیکی هستند. مخاطب. با مقایسه سلول‌های سالم با سلول‌های سرطانی، محققان امیدوارند «گفتمان» ناهنجار بدخیمی‌ها را درک کنند.
تا به حال، این روش برای موفقیت به مقدار کافی از DNA نیاز داشت و بنابراین، به دلیل حجم محدود نمونه به‌دست‌آمده در بیوپسی، در تنظیمات بالینی مفید نبود. اما این ممکن است به لطف liCHi-C تغییر کند – یک روش جدید که توسط آزمایشگاه سازمان کروماتین سه بعدی به رهبری دکتر بیولا ام. خاویر در موسسه تحقیقات لوسمی جوزپ کارراس، توسعه یافته است.
در انتشار اخیر در ارتباطات طبیعتمحققان نشان می‌دهند که تعامل یک تومور خاص را می‌توان مستقیماً از نمونه‌های بیمار به جای مدل‌های آزمایشگاهی آنالیز کرد که جهشی بزرگ به جلو است. این شاهکار به این واقعیت متکی است که liCHi-C، بهبودی نسبت به روش قبلی Promoter Capture Hi-C (PCHi-C)، به جای میلیون‌ها سلول مورد نیاز برای روش‌های دیگر، با کمتر از 50000 سلول کار می‌کند. این کاهش قابل توجه در اندازه نمونه به لطف ترکیب یک پروتکل آزمایشی کارآمد با ابزارهای بیوانفورماتیک جدید امکان پذیر است.
به همراه همکارانی از موسسه Josep Carreras، مرکز ابرکامپیوتر بارسلونا، موسسه سلول های بنیادی Wellcome-MRC Cambridge، Sant Joan de Déu، IDIBAPS و کلینیک بیمارستان و دیگران، محققان توانسته اند وضوح نقشه های اینتراکتوم را در توسعه افزایش دهند. سلول های بنیادی خونساز از اهداکنندگان سالم و بیماران سرطانی، به آنها اجازه می دهد تا شبکه های تغییر یافته ای را که در سرطان خون رخ می دهد شناسایی کنند. همچنین، آنها نشان می‌دهند که چگونه می‌توان از liCHi-C برای شناسایی بازآرایی‌های بزرگ DNA با دقت بالاتر و آشکار کردن نقش تغییر غیرکدکننده در توسعه سرطان استفاده کرد.
درک تداخل ناهنجار در سلول‌های سرطانی ممکن است به توسعه روش‌های درمانی جدید با هدف برهم زدن «گفتگوی سمی» درون آنها کمک کند. ما هنوز با کلینیک فاصله داریم، اما liCHi-C اولین قدم به سوی توصیف گسترده‌تر و غنی‌تر از آنچه در داخل سلول سرطانی اتفاق می‌افتد، یکی از اهداف تحقیقات زیست‌پزشکی است.
اطلاعات بیشتر:
Laureano Tomás-Daza و همکاران، کم ورودی Hi-C (liCHi-C) تعاملات پروموتر-افزایش دهنده را در وضوح بالا شناسایی می کند. ارتباطات طبیعت (2023). DOI: 10.1038/s41467-023-35911-8
ارائه شده توسط موسسه تحقیقات سرطان خون Josep Carreras
نقل قول: روش تصفیه‌شده برای بررسی عملکرد درونی سلول‌های سرطانی، اینتراکتوم را باز می‌کند (2023، 25 ژانویه) در 26 ژانویه 2023 از https://medicalxpress.com/news/2023-01-refined-method-peer-cancer-cells.html بازیابی شده است.
این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به غیر از هرگونه معامله منصفانه به منظور مطالعه یا تحقیق خصوصی، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تکثیر نیست. محتوای مذکور فقط به هدف اطلاع رسانی ایجاد شده است.
[ad_2]