یک پورتال داده برای پیش بینی پاسخ به ایمونوتراپی محاصره ایست بازرسی ایمنی

یک پورتال داده جدید به نام Cancer-Immu که توسط تیمی از آمار زیستی مرکز پزشکی دانشگاه واندربیلت ایجاد شده است می تواند به پزشکان و محققان سرطان کمک کند تا پیش بینی کنند کدام بیماران به مهارکننده های ایست بازرسی ایمنی پاسخ خواهند داد. با داده های 3652 نمونه برای 16 نوع سرطان، Cancer-Immu بزرگترین پورتال داده مربوط به محاصره ایست بازرسی ایمنی برای کاوش اتصالات ایمونوژنومیک است.

این تیم جزئیاتی را در مورد پورتال دسترسی آزاد در مقاله ای که در 13 دسامبر منتشر شد ارائه کرد تحقیق سرطان. Cancer-Immu داده های omics چند بعدی در مقیاس بزرگ، از جمله پروفیل های ژنومی ژنتیکی، حجیم و تک سلولی، پروتئومی و پویا را ادغام می کند. همچنین فنوتیپ های بالینی را ادغام می کند.

در حالی که مهارکننده‌های ایمن‌پوینت می‌توانند برای برخی از بیماران مبتلا به سرطان نجات‌دهنده باشند، اکثر بیماران به ایمنی‌درمانی‌ها پاسخ نمی‌دهند. محققان در حال کار برای شناسایی نشانگرهای زیستی هستند که پاسخ را پیش‌بینی می‌کنند و Cancer-Immu یک پورتال عملکردی جامع برای کشف ارتباطات ایمنی-ژنومی ارائه می‌دهد.

دکتر یو شایر، رئیس بخش آمار زیستی در VUMC، رئیس هارولد ال. موزس، رئیس بخش تحقیقات سرطان و تحقیقات سرطان، گفت: “این دسترسی آسان به داده های ایمنی زا را فراهم می کند و محققان را قادر می سازد تا مجموعه داده های omics را به بینش های بیولوژیکی و کاربردهای بالینی ترجمه کنند.” یکی از نویسندگان ارشد مقاله به گفته Qi Liu، Ph.D.، دانشیار آمار زیستی و نویسنده ارشد دیگر مقاله، “Cancer-Immu بیشترین تعداد مجموعه داده ها و انواع داده های omics را در مقایسه با پایگاه های داده موجود با پیامد پاسخ محاصره ایست بازرسی ایمنی پوشش می دهد.”

انواع سرطان در پورتال داده شامل ملانوم، سرطان ریه سلول غیر کوچک، سرطان اروتلیال متاستاتیک، کارسینوم سلول کلیوی، سرطان مثانه، گلیوما، سرطان کولورکتال، سرطان سر و گردن، سرطان مری معده، سرطان با علت اولیه ناشناخته، سرطان معده، سرطان سینه، سرطان کبد، سرطان پروستات، کارسینوم سلول بازال و سرطان پوست غیر ملانوم.

با پورتال Cancer-Immu، پزشکان و محققان می توانند داده های خود را آپلود و تجزیه و تحلیل کنند یا با داده های موجود به طور همزمان تجزیه و تحلیل کنند. آنها می توانند از متاآنالیز یا آنالیز پان سرطان استفاده کنند. این پورتال مجموعه‌ای از سه نوع داده omics دارد: داده‌های ژنتیکی، رونویسی و داده‌های تک سلولی. ماژول پان سرطان که چندین مجموعه داده را در یک مجموعه جمع می کند، تشخیص و تجزیه و تحلیل ویژگی های نادر را افزایش می دهد. متخصصان آمار زیستی در این مطالعه خاطرنشان کردند که در حالی که متاآنالیز – ارزیابی آماری مطالعات مستقل متمرکز بر همان سوال – نتوانست جهش‌های ژنی قابل توجهی را شناسایی کند، تجزیه و تحلیل پان سرطان، که ارزیابی گسترده‌تری در بین انواع مختلف سرطان است، 182 مورد را شناسایی کرد. ژن های دارای جهش به طور قابل توجهی با مهارکننده های ایست بازرسی ایمنی مرتبط هستند.

اولین نویسنده این مطالعه، دکتر جینگ یانگ، محقق فوق دکترا در آزمایشگاه تحقیقاتی Shyr، گفت: «Cancer-Immu به رفع کمبود و چالش برای ارزیابی اثربخشی نشانگرهای زیستی شناخته شده و کشف امضاهای جدید کمک می کند.