آخرین مطالب

ژنتیک Omicron و الگوهای انتقال اولیه مشخص شد


omicron

اعتبار: دامنه عمومی Pixabay/CC0

با توجه به تیم بزرگ بین المللی از محققان این مطالعه که اخیرا در طبیعت، اولین کسی است که مشخصات ژنومی omicron را توصیف کرده و منشأ این گونه را کشف کرده است.

ماسیج بونی، دانشیار زیست شناسی گفت: «ما شاهد تولید سه نوع اصلی SARS-CoV-2 – آلفا، دلتا و اومیکرون- در حدود 16 ماه بوده ایم که بسیار تعجب آور است زیرا سایر ویروس ها چنین جهش های بزرگ تکاملی مکرری انجام نمی دهند. پن استیت، که تحلیل نوترکیبی را برای این همکاری جهانی رهبری کرد. “آخرین نوع – omicron – به دلیل جهش حتی بزرگتر که در تکامل پروتئین اسپایک خود انجام داد، فوق العاده است.”

بونی اشاره کرد که در مقایسه با انواع قبلی، پروتئین اسپایک omicron بیش از 30 جهش دارد که بسیاری از آنها بر خنثی سازی آنتی بادی میزبان تأثیر می گذارند.

او گفت: “با توجه به اینکه omicron از نظر تکاملی چنین جهشی به جلو انجام داد، ما می خواستیم بررسی کنیم که چرا و چگونه ممکن است این اتفاق افتاده باشد.”

برای انجام این کار، تیم – که توسط مرکز واکنش و نوآوری اپیدمی در آفریقای جنوبی رهبری می شد – تمام 686 توالی omcron را که تا 7 دسامبر 2021 در دسترس بودند، تجزیه و تحلیل کردند. آنها دریافتند که omicron در دودمان B.1.1 قرار می گیرد. همچنین شامل نوع آلفا می باشد. جالب توجه است، تیم دریافت که omicron از نظر ژنتیکی از آلفا، و همچنین هر گونه دیگر شناخته شده مورد علاقه متمایز است.

بونی گفت: “این بدان معناست که اگرچه omicron به همان دودمان نوع آلفا تعلق دارد، اما به حدی تغییر کرده است که تا حد زیادی به عنوان پسر عمو یا برادرزاده نوع آلفا قابل تشخیص نیست.” زمانی که ژنوم omicron برای اولین بار توالی یابی شد، مشخص شد که این ویروس از نظر فنوتیپی دارای پتانسیل بسیار متفاوتی با انواع قبلی SARS-CoV-2 است که ما با آن آشنا بودیم.

برای تعیین زمانی که نوع omicron برای اولین بار ظهور کرد، تیم از تکنیکی به نام تحلیل فیلوژنتیک بیزی کالیبره شده با زمان استفاده کرد. آنها تخمین زدند که تاریخی که جدیدترین جد مشترک همه اومیکرون ها وجود داشته است، اوایل اکتبر 2021 است.

سپس، تیم تجزیه و تحلیل انتخابی را روی توالی های 686 میکرون اعمال کرد و شواهدی از انتخاب طبیعی مثبت در بسیاری از ژن ها از زمانی که این گونه از دودمان B.1.1 دیگر جدا شد، یافت. بونی می‌گوید: «این یافته به نتیجه‌گیری ما منجر شد که تکامل تطبیقی ​​نقش مهمی در ظهور و تأسیس اولیه omicron ایفا کرده است. “این یافته نشان می دهد که omicron احتمالاً نتیجه یک فرآیند تکاملی است که یک ویروس بسیار قابل انتقال ایجاد کرده است که تا حدی از پاسخ های آنتی بادی ما طفره می رود.”

علاوه بر این، این یافته، ترکیب مجدد گونه های قبلی را در منشاء omicron رد کرد.

بونی گفت: «ما هیچ شواهد قانع‌کننده‌ای مبنی بر اینکه omicron نوترکیبی از گونه‌های قبلی SARS-CoV-2 است پیدا نکردیم.

این تیم متوجه شد که برخی از نمونه‌های omicron شواهد ضعیفی از به ارث بردن مواد ژنتیکی از یک ویروس دلتا را نشان می‌دهند، اما تجزیه و تحلیل‌های آماری نمی‌تواند شانس تصادفی یا خطاهای توالی کوچک را به عنوان دلایل این سیگنال نوترکیبی عجیب رد کند.

بونی گفت: “با توجه به اطلاعات غلط اخیر مبنی بر اینکه گونه های omicron و دلتا برای ایجاد یک سوپر گونه “deltacron” دوباره ترکیب شده اند، مهم است که توجه داشته باشیم که چنین ترکیبی در واقع امکان پذیر است، اما در حال حاضر هیچ مدرکی مبنی بر وقوع این اتفاق وجود ندارد.” . علاوه بر این، اگر این اتفاق بیفتد، نمی‌توان گفت که ویژگی‌های چنین ویروسی از نظر توانایی انتقال و/یا ایجاد بیماری‌های شدید و سایر عوامل چیست.»

با توجه به قابلیت انتقال omicron، تیم به این نتیجه رسید که فرار سیستم ایمنی نسبی احتمالاً عامل اصلی گسترش سریع omicron در آفریقای جنوبی بوده است، زیرا نسبت جمعیت آفریقای جنوبی که مصون هستند (از عفونت، واکسیناسیون یا هر دو) بالای 60٪ است. .

بونی گفت: «این ایده که اومیکرون می‌تواند تا حدی از سیستم ایمنی فرار کند، توسط یافته‌های اخیر دیگر تأیید می‌شود که نشان‌دهنده افزایش خطر ابتلا به عفونت مجدد SARS-CoV-2 مرتبط با ظهور اومیکرون است». ما همچنین می دانیم که بار ویروسی omicron در افرادی که آلوده هستند بیشتر است، که به میزان قابل توجهی در میزان بالای انتقال آن کمک می کند.

بونی خاطرنشان کرد که موج Omicron فعلی یادآوری به همه آمریکایی‌ها است که واکسیناسیون COVID-19 خود را تا حد امکان به روز نگه دارند.

وی گفت: ما نمی توانیم یک سال تقویمی دیگر را با نیم میلیون کشته تحمل کنیم.


مطالعه: Omicron منجر به بیماری کمتر شدید در موش ها می شود


اطلاعات بیشتر:
Raquel Viana و همکاران، گسترش سریع همه گیر گونه SARS-CoV-2 Omicron در جنوب آفریقا، طبیعت (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-04411-y

ارائه شده توسط دانشگاه ایالتی پنسیلوانیا

نقل قول: ژنتیک Omicron و الگوهای انتقال اولیه مشخص شده (2022، 26 ژانویه) در 26 ژانویه 2022 از https://medicalxpress.com/news/2022-01-omicron-genetics-early-transmission-patterns.html بازیابی شده است.

این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به غیر از هرگونه معامله منصفانه به منظور مطالعه یا تحقیق خصوصی، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تکثیر نیست. محتوای مذکور فقط به هدف اطلاع رسانی ایجاد شده است.