نقشه برداری ژن کولون بینش هایی را در مورد بیماری های روده ای ارائه می دهد –

این گروه از تکنیکی به نام ترانس کریپتومیکس فضایی (ST) برای نقشه برداری از فعالیت ژن تک تک سلول ها در کولون موش استفاده کردند. به گفته محققان، این اولین باری است که هر کسی توانسته است چشم انداز بیان ژن کل روده را در سلامت و بهبودی پس از آسیب تجسم کند.

ادواردو جی ویلابلانکا، نویسنده مسئول این مطالعه، دکترای دپارتمان پزشکی سولنا در می‌گوید: «تجسم مبتنی بر رونویسی فضایی ما را قادر می‌سازد تا چندین جنبه ناشناخته را کشف کنیم، مانند اینکه کولون به بخش‌های بیشتری از آنچه قبلا تصور می‌شد تقسیم شده است. موسسه کارولینسکا

هنگامی که نتایج با داده‌های رونویسی شناخته شده از بافت انسانی ترکیب شد، دانشمندان متوجه شدند که مکان سلول‌های روده‌ای خاص در موش و انسان یکسان است، که این مدل را به ابزاری برای درک چگونگی تأثیر بیماری‌های مختلف مانند IBD بر روی بدن تبدیل می‌کند. روده بزرگ

در یک مطالعه قبلی، گروه تحقیقاتی Eduardo J. Villablanca نشان داد که کولیت اولسراتیو را می توان به دو زیر گروه با بیان ژن های مختلف تقسیم کرد. با ارجاع به نقشه جدید، آن ها توانستند نشان دهند که ژن های درمان اشکال سخت تر بیماری در بافت هایی یافت شده که آسیب بیشتری نیز دیده اند.

ویلابلانکا می‌گوید: «به‌طور مشابه، نقشه ژنی می‌تواند برای دیدن جایی که سلول‌های انسان در کولون فعال هستند، استفاده شود که می‌تواند سهم قابل توجهی در توسعه درمان‌ها و داروهای جدید داشته باشد».

رونویسی فضایی در SciLifeLab توسط دانشمندان موسسه فناوری سلطنتی KTH و موسسه کارولینسکا توسعه داده شد. به تجسم بیان ژن در بافت اجازه می دهد. با این حال، برای تجسم یک اندام لوله‌ای بلند مانند کولون، محققان این مطالعه این تکنیک را به روشی جدید به کار گرفتند. آنها با چرخاندن روده بزرگ مانند یک رول سوئیسی، توانستند کل چشم انداز بیان ژن یک اندام بلند را جابجا کرده و نقشه برداری کنند.

ویلابلانکا توضیح می دهد: «اکنون می خواهیم از روش مشابهی برای ایجاد یک اطلس مشابه برای همه اندام های گوارشی، از دهان گرفته تا رکتوم، استفاده کنیم. “هدف ما ایجاد یک نقشه مرجع برای بیان ژن همه این بافت ها است.”

اطلس ژنی کل اندام گوارشی از بسیاری جهات مفید خواهد بود، از جمله برای بررسی ارتباط بین باکتری های روده و بیان ژن سلولی، و برای به دست آوردن درک بهتری از اینکه چگونه رژیم های غذایی مختلف بر عملکردهای مختلف آن تأثیر می گذارد.

این مطالعه در موسسه کارولینسکا با حمایت مالی از جمله شورای تحقیقات سوئد، شورای تحقیقات سوئد برای محیط زیست، علوم کشاورزی و برنامه ریزی فضایی (Formas)، انجمن سرطان سوئد و بنیاد کنات و آلیس والنبرگ انجام شد.

برخی از نویسندگان اعلامیه های مورد علاقه خود را گزارش کرده اند: ادواردو جی ویلابلانکا بودجه تحقیقاتی را از شرکت داروسازی F. Hoffmann-La Roche دریافت کرده است. و Camilla Engblom، Ludvig Larsson و Joakim Lundeberg مشاوران علمی 10X Genomics هستند که شرکت Spatial Transcriptomics را در سال 2018 خریداری کرد.

منبع داستان:

مواد ارائه شده توسط موسسه کارولینسکا. توجه: محتوا ممکن است برای سبک و طول ویرایش شود.