روش محاسباتی اثرات جهش در ژنوم غیر کد کننده را آشکار می کند

کمتر از دو درصد از ژنوم انسان برای پروتئین‌ها کد می‌کند و بقیه آن‌ها غیرکدکننده هستند و احتمالاً به تنظیم ژن کمک می‌کنند. جهش در ژنوم غیر کد کننده اغلب باعث تغییرات صفت می شود که با تغییر بیان ژن باعث بیماری یا ناتوانی می شود. با این حال، ردیابی اینکه کدام یک از انواع متعدد مرتبط با یک بیماری یا سایر صفات پیچیده، عامل آن هستند و درک مکانیسم اثرات آنها برای دانشمندان دشوار است.

محققان در Brigham یک رویکرد محاسباتی جدید را توسعه دادند که بر روی مناطق کوچکی از ژنوم غیرکدکننده که مطالعات انجمن گسترده ژنوم (GWAS) با تغییرات در صفات سلول‌های خونی، از جمله کاهش تعداد لنفوسیت‌ها و غلظت هموگلوبین، مرتبط هستند، مشخص می‌کند.

سپس آن‌ها این نواحی را برای جهش‌های خاصی که باعث می‌شود یک پروتئین فاکتور رونویسی به نام PU.1 به نواحی خاصی کم و بیش قوی‌تر از حد معمول متصل شود، اسکن کردند و تأثیری را که چنین جهش‌هایی بر محل اتصال PU.1 داشتند، بررسی کردند. روش آنها 69 جهش را نشان داد که بر اتصال PU.1 تأثیر می گذاشت و مربوط به تفاوت های کمی در تغییرات صفت سلول های خونی بود، که 51 مورد از آنها محل اتصال PU.1 را تغییر داد و بنابراین احتمالاً یک تفاوت فیزیولوژیکی ایجاد کرد.

نویسنده ارشد مارتا بولیک، دکتری، محقق اصلی در بخش بریگهام گفت: روش ما می تواند برای درک بهتر طیف وسیعی از شرایط ژنتیکی و کمک به مشخص کردن انواع علّی در ژنوم غیرکدکننده زیربنای صفات زیست پزشکی مختلف به کار رود. ژنتیک

“در اینجا، ما انواع غیر کد کننده ای را شناسایی کردیم که به نظر می رسد به تفاوت های کمی در تغییرات صفت سلول های خونی کمک می کنند. این رویکرد می تواند برای کشف مکانیسم های تنظیمی رونویسی پنهان در داده های GWAS سایر صفات پیچیده استفاده شود.”

این مطالعه در مجله منتشر شده است ژنومیک سلولی.