مروری بر OpenPBTA Project.A، شبکه تومور مغزی کودکان و کنسرسیوم عصب انکولوژی کودکان اقیانوس آرام نمونه های تومور را از 943 بیمار جمع آوری کردند. تا به امروز، 22 رده سلولی از بافت تومور ایجاد شد، و بیش از 2000 نمونه توالی یابی شدند (N = 1035 RNA-Seq، N = 940 WGS، و N = 32 WXS یا پانل هدف). داده ها توسط مرکز منبع داده Kids First با استفاده از چارچوب آمازون S3 در CAVATICA هماهنگ شد. B، خلاصه نمودار نوارهای انباشته شده از تعداد نمونه های زیستی در هر مرحله از درمان در بافت شناسی وسیع (مخفف ها: GNG = گانگلیوگلیوما، سایر LGG = سایر گلیوماهای با درجه پایین، PA = آستروسیتوم پیلوسیتیک، PXA = زانتوآستروسیتومای پلئومورفیک، آسترومالتوماسل SEGA = ساب ، DIPG = گلیوم پونتین درونی منتشر، DMG = گلیوم خط میانی منتشر، سایر HGG = سایر گلیومای با درجه بالا، ATRT = تومور رابدوئید تراتوئید آتیپیک، MB = مدولوبلاستوما، سایر ET = سایر تومورهای جنینی، EPN = اپندیمومای عصبی، PNF = نوروفیموما، پی. DNET = تومور نورواپیتلیال دیسمبریوپلاستیک، CRANIO = کرانیوفارنژیوم، EWS = سارکوم یوینگ، CPP = پاپیلوم شبکه مشیمیه). فقط نمونه هایی با توصیفگرهای موجود وارد شدند. ج، مروری بر تحلیل باز و مدل مشارکت دست‌نویس. در مخزن تجزیه و تحلیل GitHub، یک مشارکت کننده تجزیه و تحلیلی را پیشنهاد می کند که سایر شرکت کنندگان می توانند درباره آن نظر دهند. سپس مشارکت‌کنندگان تجزیه و تحلیل را پیاده‌سازی می‌کنند و درخواستی برای اضافه کردن تغییرات خود به مخزن تجزیه و تحلیل (“درخواست کشش”) ارسال می‌کنند. درخواست‌های کشش از نظر دقت علمی و صحت اجرا مورد بررسی قرار گرفتند. درخواست‌های کششی به‌علاوه بررسی شدند تا اطمینان حاصل شود که همه وابستگی‌های نرم‌افزار گنجانده شده‌اند و کد به تغییرات داده‌های اساسی با استفاده از فناوری‌های کانتینر و یکپارچه‌سازی مداوم حساس نیست. در نهایت، یک مشارکت‌کننده درخواستی را برای مستندسازی روش‌ها و نتایج خود به مخزن دستنوشته‌های مبتنی بر Manubot ارسال می‌کند. درخواست های کشش در مخزن دستنوشته نیز در معرض بررسی قرار گرفت. D، یک مسیر بالقوه برای یک درخواست کشش تحلیلی. فلش‌ها بازبینی‌های یک درخواست کشش را نشان می‌دهند. قبل از بررسی، یک درخواست کشش برای نصب وابستگی و اینکه آیا کد اجرا می‌شود یا نه، آزمایش شد. درخواست‌های کششی نیز به تأیید سازمان‌دهندگان و/یا سایر مشارکت‌کنندگان نیاز داشت که صحت علمی را بررسی کردند. پنل A با BioRender.com ایجاد شد. اعتبار: BioRxiv (2022). DOI: 10.1101/2022.09.13.507832
محققان بیمارستان کودکان فیلادلفیا (CHOP)، آزمایشگاه داده های سرطان کودکی بنیاد پایه لیموناد الکس، شبکه تومور مغزی کودکان (CBTN)، کنسرسیوم اعصاب انکولوژی اطفال اقیانوس آرام (PNOC) و بیش از 20 موسسه دیگر برای ایجاد شراکت همکاری کرده اند. اولین پلت فرم آنالیز منبع باز و قابل تکرار برای تومورهای مغزی کودکان در نوع خود.
با کمک هزاران نمونه توالی ژنومی، محققان از این بستر برای شناسایی یافته‌های اولیه در مورد انواع ژنتیکی مرتبط با نتایج ضعیف‌تر استفاده کرده‌اند که می‌تواند به پیشرفت‌های تشخیصی و درمانی آینده کمک کند.
جزئیات پلت فرم و آن یافته های اولیه امروز به صورت آنلاین توسط این مجله منتشر شد ژنومیک سلولی، پس از ظاهر شدن در bioRxiv سرور پیش چاپ
تومورهای مغزی کودکان در مجموع علت اصلی مرگ و میر ناشی از سرطان در کودکان در ایالات متحده است. با این حال، شدت تومورهای مغزی کودکان بسیار متفاوت است، برخی از آنها دارای پیش آگهی تقریباً کشنده هستند در حالی که برخی دیگر دارای نرخ بقای طولانی مدت نسبتاً قوی هستند، اگرچه همه تومورهای مغزی حداقل تا حدی بر این کودکان و خانواده‌هایشان تأثیر منفی می‌گذارند.
دسترسی محدود به نمونه‌های بافت و رده‌های سلولی مشتق شده از بیمار، مانع مهمی برای درک تفاوت‌های بین تومورهای مغزی کودکان در سطح مولکولی بوده است. این داده های طولانی مدت می تواند منجر به تکنیک های تشخیصی بهتر و درمان های هدفمند بالقوه ای شود که می تواند این تومورهای کشنده را درمان کند.
در سال 2011، CBTN و PNOC شروع به استخراج و آماده سازی آنچه که اکنون به 6000 نمونه تومور با بیش از 68000 نمونه فرعی تبدیل شده است، کردند. بیش از 1000 مورد از این تومورها توالی یابی شدند تا انتشار اولیه اطلس تومور مغزی کودکان (PTBA) در سال 2018 را تشکیل دهند و داده ها بدون تحریم در دسترس قرار گرفتند تا محققان بتوانند انواع مختلفی از انواع خاصی از تومورهای مغزی را بررسی کنند.
با کمک آزمایشگاه داده های سرطان کودکی بنیاد الکس لیموناد، تیم محققان توانستند نسخه منبع باز این اطلس، اطلس تومور مغزی کودکان باز (OpenPBTA) را برای تجزیه و تحلیل این داده ها بسازند.
OpenPBTA برای هر کسی که به دنبال اهداف درمانی جدید یا یافتن راه های جدیدی برای ترجمه تحقیقات به عمل بالینی است، در دسترس است. در زمان این مطالعه، OpenPBTA حاوی داده های ژنومی و بالینی بیش از 1000 تومور مغزی کودکان و 22 رده سلولی مشتق شده از بیمار از CBTN و PNOC بود.
OpenPBTA یک چارچوب باز و بلادرنگ برای مشخص کردن ژنومیک تومورهای مغزی کودکان فراهم می کند. این اولین تجزیه و تحلیل باز در مقیاس بزرگ، مشارکتی و باز از داده های ژنومی است و منبعی مبتنی بر ابر را برای محققانی که به دنبال داده های جامع تر در مورد تومورهای مغزی کودکان هستند، فراهم می کند.
دکتر جو لین روکیتا، دانشمند ناظر بیوانفورماتیک، سرپرست OpenPBTA در مرکز اکتشافات مبتنی بر داده، گفت: «در حالی که طرفداران زیادی از یک مدل منبع باز برای تحقیقات علمی وجود داشته است، چیزی شبیه به این برای سرطان کودکان وجود نداشت. (D3B) در CHOP و یکی از نویسندگان مربوطه مطالعه. “ما OpenPBTA را طراحی کردیم تا هر کسی بتواند به داده ها دسترسی داشته باشد، در تجزیه و تحلیل آن مشارکت کند و/یا از آن در تحقیقات خود استفاده کند.”
جی اسکات، یکی از مدیران اجرایی، گفت: “همکاری کلید تسریع کشف درمان جدید است. OpenPBTA این امکان را برای متخصصان در سراسر جهان فراهم کرد تا گرد هم آیند و درک عمیق تری از علت اصلی مرگ ناشی از سرطان در کودکان و بزرگسالان به دست آورند.” مدیر بنیاد استند لیموناد الکس.
Jaclyn N. Taroni، Ph.D.، یکی دیگر از نویسندگان مرتبط در این مطالعه و مدیر آزمایشگاه داده های سرطان کودکی بنیاد لیموناد الکس، گفت: “با راه اندازی موفقیت آمیز OpenPBTA ما، امیدواریم جامعه پژوهشی این مدل را با مدل های دیگر تطبیق دهد. سرطان های کودکان.”
OpenPBTA در حال حاضر بینش بیشتری را در مورد عوامل بالقوه تومورهای مغزی کودکان به محققان ارائه می دهد. در این مطالعه، محققان دریافتند که از دست دادن ژن سرکوبگر تومور TP53 یک نشانگر مهم برای بقای کلی ضعیف در تومورهای مغز و نخاع با رشد سریع به نام اپندیموم و برخی گلیوم‌های منتشر خط میانی است و اختلال در تنظیم ژن نیز در ایجاد هیپرجهش دخیل است. گلیوم با درجه بالا
“حل تومورهای مغزی کودکان نمی تواند توسط هیچ موسسه ای انجام شود. مدل OpenPBTA همکاری مشترک و بلادرنگ که توسط PNOC و CBTN پشتیبانی می شود نه تنها اکتشافات جدید را تقویت کرده است، بلکه روش های نوآورانه ای را برای انجام علم مورد نیاز از طرف مشارکتی و شتاب داده شده است. نوآوری برای کودکان مبتلا به تومورهای مغزی.
اطلاعات بیشتر:
جاشوا شاپیرو و همکاران، OpenPBTA: یک اطلس تومور مغزی باز کودکان، bioRxiv (2022). DOI: 10.1101/2022.09.13.507832
ارائه شده توسط بیمارستان کودکان فیلادلفیا
نقل قول: پلت فرم تجزیه و تحلیل باز برای تومورهای مغزی کودکان منبع داده ای قوی برای تحقیقات سرطان دوران کودکی ارائه می دهد (2023، 31 مه) که در 31 مه 2023 از https://medicalxpress.com/news/2023-05-open-analysis-platform-pediatric- بازیابی شده است. تومورهای مغزی.html
این برگه یا سند یا نوشته تحت پوشش قانون کپی رایت است. به غیر از هرگونه معامله منصفانه به منظور مطالعه یا تحقیق خصوصی، هیچ بخشی بدون اجازه کتبی قابل تکثیر نیست. محتوای مذکور فقط به هدف اطلاع رسانی ایجاد شده است.